เมื่อท่านได้บวชเป็นพระภิกษุแล้ว ท่านได้อยู่จำพรรษาที่วัดบ่อ มาตามลำดับ ท่านได้ศึกษาพระปริยัติธรรมในสำนักวัดบ่อ และต่อมาท่านได้ย้ายไปเรียนพระปริยัติธรรมบาลีรามัญในสำนักของ พระคุณวงศ์ (สน) วัดปรมันยิกาวาส ซึ่งเป็นสำนักเรียนบาลีรามัญที่มีชื่อเสียงที่สุดในยุคนั้น

     ต่อมาท่านได้เข้าสอบแปลพระปริยัติธรรมบาลีรามัญ จนกระทั่งสอบไล่ได้เปรียญ ๓ ประโยครามัญ (เทียบเท่าเปรียญ ๔ ประโยคไทย) ในช่วงนี้เอง ท่านยังได้เรียนวิชาคาถาอาคมเวทย์ วิปัสสนากรรมฐาน และวิชาการทำพระเครื่องราง จาก พระคุณวงศ์ (สน) ด้วย ซึ่งเป็นที่ทราบกันดีว่า พระคุณวงศ์(สน) รูปนี้ เป็นพระรามัญที่ทรงวิทยาคมอีกรูปหนึ่งของเมืองนนทบุรี ท่านเป็นครูใหญ่สายวิชารามัญแห่งเกาะเกร็ด และมีลูกศิษย์ลูกหามาก ท่านได้รับการถ่ายทอดสรรพวิชาจาก พระคุณวงศ์ (สน) จนมีวิชาแก่กล้าพอตัว สมกับศิษย์ผู้มีครูดี และประกอบกับท่านเป็นพระที่เก่ง เรียนรู้ไว และให้ความใส่ใจในการศึกษาเป็นอย่างมาก ท่านจึงได้รับความไว้วางใจจากเจ้าอาวาสวัดบ่อในขณะนั้น แต่งตั้งให้ท่านเป็นครูผู้สอนพระปริยัติธรรม และหนังสือรามัญประจำสำนักวัดบ่อ อีกด้วย ต่อมาท่านเจ้าอาวาสวัดบ่อในขณะนั้นได้ถึงกาลมรณะภาพลง ท่านจึงได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาสวัดบ่อ สืบแทน

     ในช่วงที่ท่านเป็นเจ้าอาวาสวัดบ่อ ปากเกร็ด นั้น ท่านได้พัฒนาซ่อมแซมเสนาสนะต่างๆของวัดบ่อ และยังทำหน้าที่เป็นครูสอนพระปริยัติธรรมและหนังสือมอญ มาตามลำดับ กระทั่งเมื่อปีใดไม่ปรากฏแน่ชัด ท่านจึงได้รับแต่งตั้งสมณศักดิ์เป็นพระครูสัญญาบัตรที่ “พระครูอินทมุนี” ตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดบ่อ กระทั่งเมื่อปีขาล ร.ศ. ๑๒๑ พ.ศ. ๒๔๔๕ ในรัชสมัยรัชกาลที่ ๕ ท่านจึงได้รับพระราชทานแต่งตั้งสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะชั้นราช ที่ “พระสุเมธมุนี” สถิต ณ วัดบ่อ ปากเกร็ด เมืองนนทบุรี

     กระทั่งเมื่อปี พ.ศ. ๒๔๖๒ พระคุณวงศ์ (จู สิงโฆ) เจ้าอาวาสวัดปรมัยยิกาวาส ในขณะนั้น ได้ถึงกาลมรณภาพลง คณะสงฆ์จังหวัดนนทบุรีในขณะนั้น จึงได้เสนอชื่อ พระสุเมธมุนี (วร นนฺทิโย) ป.๓ รามัญ วัดบ่อ ปากเกร็ด ให้ย้ายมาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดปรมัยยิกาวาส สืบแทน กระทั่งในปีเดียวกันท่านจึงได้รับโปรดเกล้าฯแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสวัดปรมัยยิกาวาส และได้รับแต่งตั้งให้เป็น พระอุปัชฌาย์

     ในยุคที่ท่านเป็นเจ้าอาวาสวัดปรมัยยิกาวาสนั้น เป็นที่ทราบกันดีว่า วัดปรมัยยิกาวาสเป็นสำนักเรียนบาลีรามัญ ประจำจังหวัดนนทบุรี ท่านจึงต้องรับภาระเป็นทั้งครูใหญ่และครูสอนพระปริยัติธรรมแก่พระภิกษุและสามเณรภายในวัด ตลอดจนทั้งเป็นครูสอนหนังสือภาษามอญ และหนังสือภาษาไทย ด้วย โดยท่านได้ทำหน้าที่เป็นครูสอนอย่างดี และท่านยังได้ทำการบูรณะซ่อมแซม พัฒนาเสนาสนะต่างๆของวัดปรมัยยิกาวาส ให้สวยสดงดงามสมเป็นพระอารามหลวงมาตามลำดับ ท่านได้ทุ่มเทกำลังกายและกำลังสติปัญญาสั่งสอนอบรมอันเตวาสิกในสัทธิวิการิกของท่าน และการเผยแพร่พระพุทธศาสนามาอย่างต่อเนื่องและสม่ำเสมอ จากคุณงามความดีที่ท่านได้สร้างไว้ ส่งผลให้ท่านได้รับการโปรดเกล้าฯเลื่อนสมณศักดิ์ขึ้นเป็นพระราชาคณะชั้นเทพ ที่ “พระคุณวงศ์” เมื่อวันศุกร์ ขึ้น ๒ ค่ำ เดือน ๑๒ ปีกุล ร.ศ. ๑๔๒ ซึ่งตรงกับวันที่ ๙ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๔๖๖ ในรัชสมัยรัชกาลที่ ๖ สถิต ณ วัดปรมัยยิกาวาส

     ท่านเจ้าคุณสุเมธาจารย์ ท่านเป็นพระที่เคร่งครัดในด้านปฏิบัติและปริยัติ ตามแบบพระรามัญโดยแท้ แม้แต่ สมเด็จพระมหาสมณเจ้ากรมหลวงวชิรญาณวโรรส ยังทรงโปรดฯและประทานแต่งตั้งให้เป็นกรรมการเถรสมาคมด้วย

     ท่านเจ้าคุณฯวร นนฺทิโย ท่านเป็นพระเถระที่มีความเมตตาสูง เป็นที่เคารพศรัทธาของพระสงฆ์และชาวเกาะเกร็ดเป็นอย่างสูง ท่านได้มีบทบาทอย่างมากในกิจการคณะสงฆ์ ต่อมาท่านจึงได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง เจ้าคณะจังหวัดนนทบุรี กระทั่งเมื่อครั้งงานพระราชพิธีเฉลิมพระชนมพรรษา ของพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๗ เมื่อวันศุกร์ ที่ ๖ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๔๗๔ ร.ศ.๑๕๐ ท่านจึงได้รับโปรดเกล้าฯเลื่อนสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะชั้นธรรม ที่ "พระสุเมธาจารย์ บริหารธรรมขันธ์ รามัญสังฆณาธิบดี" ตำแหน่งเจ้าคณะใหญ่ฝ่ายรามัญ สถิต ณ วัดปรมัยยิกาวาสวรวิหาร ซึ่งนับว่าท่านเจ้าคุณฯวร นนฺทิโย นี้ท่านเป็นพระมหาเถระผู้ใหญ่ เปรียบเสมือนดั่งพระสังฆราชฝ่ายรามัญนิกาย รูปสุดท้ายในสยามประเทศในยุคสมัยนั้นก็ว่าได้ ก่อนที่จะถูกยุบยกเลิกรามัญนิกายลง

     พระสุเมธาจารย์ (วร นนฺทิโย) ท่านได้อาพาธและละสังขารลง เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๘๐ สิริรวมอายุท่านได้ ๗๕ ปี พรรษา ๕๖