พระวุฒิกรอุดมคุณ เริ่มอาพาธด้วยโรคปอดและโรคอื่นแทรกซ้อนอยู่ในขั้นอันตราย เมื่อวันที่ ๒๔ กันยายน พ.ศ. ๒๕๒๐ บรรดาพระภิกษุสามเณรและศิษยานุศิษย์ นายแพทย์หมอประจำตำบล ได้พยายามช่วยเหลือพยาบาลจนสุดความสามารถอยู่ที่วัดประมาณ ๒ วัน เมื่อเห็นว่าอาการของโรคไม่มีอาการทุเลา นายแพทย์ประจำโรงพยาบาลนครนายกได้แนะนำให้ท่านไปพักรักษาตัวที่โรงพยาบาลประจำจังหวัด โดยอยู่ในความควบคุมของนายแพทย์ เมื่อวันที่ ๒๖ กันยายน พ.ศ. ๒๕๒๐ เวลาประมาณ ๑๗.๓๐ น. ในการไปรักษาตัวที่โรงพยาบาลครั้งนี้มีพระภิกษุสามเณรและญาติโยมติดตามไปคอยปฏิบัติโดยใกล้ชิดมาก

     ขณะอยู่ที่โรงพยาบาลอาการไม่ดีขึ้น นายแพทย์ได้พยายามถวายความช่วยเหลือสุดความสามารถ อาการอาพาธของท่านมีแต่ทรงกับทรุดเรื่อยมา เนื่องจากความชราของสังขาร จึงเมื่อวันที่ ๒๗ กันยายน พ.ศ. ๒๕๒๐ เวลา ๐๖.๐๐ น. ได้มรณภาพด้วยอาการสงบ ณ โรงพยาบาลประจำจังหวัดนครนายก สิริรวมอายุได้ ๗๒ ปี พรรษา ๔๘