เมื่ออายุได้ ๑๗ ปีบิดาได้นำไปฝากเป็นศิษย์ของพระปลัดแก้วซึ่งรักษาการเจ้าอาวาสวัดสุวรรณารามในช่วงก่อนที่พระศีลสารพิพัฒน์ (ศรี) จะย้ายจากวัดสุทัศเทพวรารามมาเป็นเจ้าอาวาสวัดสุวรรณาราม เพื่อเป็นศิษย์ร่ำเรียนหนังสือไทย และขอม เมื่อถัดมาปีหนึ่งเมื่อท่านมีอายุได้ ๑๘ ปี ได้บรรพชาเป็นสามเณร อยู่ศึกษาเล่าเรียนในสำนักพระปลัดแก้ว แล้วยังได้ศึกษาเพิ่มเติมกับพระอาจารย์พรหมน้อย และพระครูประสิทธิ์สุตคุณ ที่วัดอัมรินทร์อีกด้วย

     เมื่อมีอายุได้ ๒๑ ปี ท่านได้เข้าพิธีอุปสมบทเป็นพระภิกษุเมื่อปี พ.ศ. ๒๔๑๑ ณ พัทธสีมาวัดตลิ่งชัน โดยมี พระอธิการม่วง วัดตลิ่งชัน เป็นพระอุปัชฌาย์ พระปลัดแก้ว วัดทอง และพระอาจารย์พึ่ง วัดรวก เป็นพระคู่สวด ได้รับฉายาว่า อินฺทโชโต

     หลังจากอุปสมบทแล้ว ท่านได้ย้ายมาจำพรรษา อยู่ที่วัดทอง หากแต่ได้ร่ำเรียนวิปัสสนากรรมฐานและวิชาพุทธาคม ไสยศาสตร์จากพระอุปัชฌาย์มิได้ขาดจนกระทั่งสำเร็จ หลวงพ่อท่านมีนิสัยส่วนตัวคือชอบใฝ่ศึกษาหาความรู้อยู่เสมออาจารย์รูปใดที่มีชื่อเสียงได้ยินมาถึงตัวท่านไม่ว่าจะไกลลำบาก และท่านมักได้ศึกษาพระปริยัติธรรม อักขระขอม วิปัสสนาธุระมาโดยตลอดและยังออกธุดงค์ไปยังที่ต่าง ๆ ได้อย่างวิจิตรยิ่ง มักเขียนภาพมหาอุตม์พร้อมกับเลขยันต์โดยไม่ซ้ำแบบ เพื่อเตรียมไว้ปั้นหุ่นสำหรับพระ ที่จะสร้างเป็นองค์ ท่านแตกฉานในวิชาโลหะ แม้แต่กลุ่มช่างหล่อยังมาขอคำปรึกษาจากท่านอยู่เสมอ