พระครูสุทธิวัตรสุนทร (บุญ สุสมโณ) เป็นพระเถระผู้เคร่งครัดในพระธรรมวินัย เป็นผู้รักสันโดษ มีความเป็นอยู่อย่างเรียบง่ายยึดพรมวิหารธรรม และสังควัตถุธรรม เป็นหลักการบำเพ็ญศาสนกิจอันเป็นหิตานุหิตประโยชน์ เพื่อความเจริญรุ่งเรือง เพื่อความมั่นคง เพื่อความวัฒนาสถาพรแก่วัด และการพระศาสนามาโดยตลอด นับตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๕๔๐ เป็นต้นมา พระครูสุทธิวัตรสุนทร (บุญ สุสมโณ) สุขภาพไม่สู้จะแข็งแรงตามวัยนัก เนื่องจากมีการอาพาธด้วยโรคความดันโลหิตและระบบทางเดินหายใจเป็นประจำต้องเข้าพักรักษาตัวที่ตึกคณะสงฆ์อำเภอแกลง โรงพยาบาลแกลง และโรงพยาบาลบางโพหลายครั้ง เมื่ออาการดีขึ้นก็กลับมาอยู่ที่วัดปฏิบัติกิจวัตรไม่เคยขาด จนกระทั่งค่ำของวันที่ ๒๘ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๔๒ หลวงปู่บุญยังคงปฏิบัติกิจของสงฆ์โดยอิริยาบถทั้ง ๔ ได้ตามปกติ เมื่อวันที่ ๒๙ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๔๒ ขณะที่หลวงปู่กำลังจำวัดอยู่ เวลาประมาณ ๐๓.๐๐ น. ก็มีอาการสะดุ้งตื่นและเหนื่อยหอบมากศิษย์ผู้อุปัฏฐากอยู่รีบปฐมพยาบาล พร้อมทั้งนำหลวงปู่ส่งโรงพยาบาลแกลงแต่มีอาการอ่อนเพลียลงเรื่อยๆต้องใช้เครื่องช่วยหายใจอาการก็ไม่ดีขึ้น รุ่งขึ้น วันที่ ๓๐ ธันวาคม พ.ศ. ๒๕๔๒ ศิษย์พร้อมด้วย น.พ. บัญญัติ เจตนจันทร์ และพยาบาลโรงพยาบาลแกลง,โรงพยาบาลชลบุรี นำหลวงปู่ส่งโรงพยาบาลบางโพ ซึ่งคุณประพฤทธิ์ตงพิพัฒน์ แพทย์-พยาบาลโรงพยาบาทแห่งนี้ผู้เป็นศิษย์ที่เคารพนับถือหลวงปู่บุญ และได้ปวารณาไว้ คณะแพทย์ได้ทำการรักษาหลวงปู่จนอาการดีขึ้นตามลำดับ ต่อมาเมื่อวันที่ ๒๔ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๔๓ อาการหลวงปู่ก็ทรุดลงอีกครั้งตามสภาพของสังขาร

     พระครูสุทธิวัตรสุนทร (บุญ สุสมโณ) มรณภาพ เมื่อวันที่ ๑๖ เมษายน พ.ศ. ๒๕๔๓ เวลา ๑๒.๓๐ น. ด้วยโรคไตวายเฉียบพลัน ณ โรงพยาบาลบางโพ เขตบางซื่อ กรุงเทพฯ สิริรวมอายุได้ ๙๖ ปี ๒ เดือน ๑๖ วัน