ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๔๕๒ ครอบครัวของ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ได้อพยพย้ายถิ่นฐานไปตั้งหลักแหล่งอยู่ที่ บ้านกุดแห่ ตำบลหนองสิม อำเภอบุ่ง จังหวัดอุบลราชธานีในขณะนั้น หรือในปัจจุบันคือ บ้านกุดแห่ ตำบลกุดแห่ อำเภอเลิงนกทา จังหวัดยโสธร

     อุปสมบทเป็นพระภิกษุ เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๕๗ สังกัดคณะสงฆ์มหานิกาย โดยมี พระธรรมบาล วัดบ้านกุดมะฮง เป็นพระอุปัชฌาย์ จำพรรษาอยู่ที่วัดศรีบุญเรืองท่าแขก (วัดร้างบ้านกุดแห่ ปัจจุบันเป็นที่ธรณีสงฆ์วัดป่าสุนทราราม)

     ในปี พ.ศ. ๒๔๗๐ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ได้ขอทำการ ทัฬหิกรรม ญัตติเป็นพระภิกษุสังกัดคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกาย ณ พระอุโบสถวัดสร่างโศก อำเภอยโสธร จังหวัดอุบลราชธานี ในขณะนั้น ปัจจุบันคือ วัดศรีธรรมาราม (พระอารามหลวง) อำเภอเมือง จังหวัดยโสธร โดยมี พระครูจิตตวิโสธนาจารย์ (ทองพูน โสภโณ) เป็นพระอุปัชฌาย์ ในการนี้หลวงปู่มั่น ภูริทตฺโต และพระอาจารย์ที่ติดตามอีกหลายรูปร่วมนั่งหัตถบาตร

     ปี พ.ศ. ๒๔๕๗ หลังจากอุปสมบทแล้ว พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ได้มาจำพรรษาอยู่ที่วัดศรีบุญเรืองท่าแขก (วัดบ้านกุดแห่) ต่อมาได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาส ได้พัฒนาวัดจนเจริญรุ่งเรืองมีชื่อเสียงมากในยุคนั้น ท่านเป็นพระนักเทศนาโวหาร มีม้าเป็นพาหนะ ขี่ม้าไปเทศน์ตามบ้านต่างๆ เป็นพระนักพัฒนา มีความรู้ความชำนาญในด้านช่างไม้ ช่างก่อสร้าง งานแกะสลัก จึงได้ก่อสร้างเสนาสนะ ศาลาโรงธรรม หอธรรมาสน์อันมีลวดลายวิจิตร หอไตรรูปทรงสวยงามสำหรับเก็บหนังสือพระธรรมใบลาน อีกทั้งมีความรู้ด้านยาสมุนไพรและยังเก่งวิชาคาถาอาคม จนชาวบ้านตั้งฉายาว่า อาจารย์ดี ผีย่าน (ย่าน หมายถึง กลัว)

     ปี พ.ศ. ๒๔๖๕ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ได้ออกธุดงค์เที่ยวหาเรียนวิชาอาคม หาของขลังและหาความรู้เพิ่มเติม ท่านได้เดินทางขึ้นไปทางสกลนคร นครพนม จึงได้พบกับ หลวงปู่มั่น ภูริทตฺโต ที่บ้านสามผง อำเภอศรีสงคราม จังหวัดนครพนม เมื่อได้ฟังธรรมจากหลวงปู่มั่น ภูริทตฺโต แล้ว จึงเกิดความเลื่อมใสศรัทธาเชื่อว่าหลวงปู่มั่นเป็นผู้มีญาณวิเศษสำเร็จแล้ว เพราะทักท้วงได้อย่างถูกต้องเหมือนตาเห็นเป็นอัศจรรย์ จึงได้กราบขอฝากตัวเป็นลูกศิษย์ ให้ช่วยชี้แนะแนวทางประพฤติปฏิบัติให้ถูกต้องตามพระธรรมวินัย และได้จำพรรษาในเขตจังหวัดนครพนมและจังหวัดสกลนคร

     ปี พ.ศ. ๒๔๖๙ มีเหตุการณ์สำคัญของ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ที่ทำให้กองทัพธรรมสายของ หลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล และ หลวงปู่มั่น ภูริทตฺโต ซึ่งขณะนั้นพำนักอยู่เสนาสนะ บ้านสามผง อำเภอศรีสงคราม จังหวัดนครพนม มีชื่อเสียงโด่งดังและได้รับความศรัทธาอย่างสูง เหตุการณ์ที่ว่านี้เป็นเพราะพระเถระที่ชาวบ้านศรัทธามาก ๓ รูปได้ขอญัตติเป็นพระฝ่ายธรรมยุต ติดตามปฏิบัติธรรมไปกับ หลวงปู่มั่น ภูริทตฺโต ได้แก่ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน พระอาจารย์เกิ่ง อธิมุตฺตโก และพระอาจารย์สีลา อิสฺสโร

     ปี พ.ศ. ๒๔๗๐ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ได้ทำการ ทัฬหิกรรม ญัตติเป็นพระภิกษุสังกัดคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกาย ณ พระอุโบสถวัดสร่างโศก อำเภอยโสธร จังหวัดอุบลราชธานี ในขณะนั้น ปัจจุบันคือ วัดศรีธรรมาราม (พระอารามหลวง) อำเภอเมือง จังหวัดยโสธร โดยมี พระครูจิตตวิโสธนาจารย์ (ทองพูน โสภโณ) เป็นพระอุปัชฌาย์ ในการนี้ หลวงปู่มั่น ภูริทตฺโต และพระอาจารย์ที่ติดตามอีกหลายรูปร่วมนั่งหัตถบาตร

     ปี พ.ศ. ๒๔๗๑ เมื่อได้ฝึกอบรมจิตภาวนาและข้อวัตรปฏิบัติกับหลวงปู่มั่น ภูริทตฺโต แล้ว พระอาจารย์ดี ฉนฺโน จึงธุดงค์กลับไปปักกลดที่ ดอนคอกวัว เพื่อโปรดชาว บ้านกุดแห่ ซึ่งเป็นบ้านของท่าน พ่อเฒ่าฝ่ายหน้า บุรารัตน์ เจ้าของที่ดินแปลงนี้ได้ถวายที่ดินเพื่อให้สร้างวัด พระอาจารย์ดี ฉนฺโน จึงสั่งให้ญาติโยมรื้อศาลากุฏิจากวัดศรีบุญเรืองท่าแขกทั้งหมดเอาไปปลูกสร้างวัดใหม่ที่บริเวณดอนคอกวัว และในปีนี้ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน จึงได้สร้างวัดใหม่ให้เป็นวัดป่าปฏิบัติกัมมัฏฐานสายพระอาจารย์มั่น ภูริทตฺโต และเห็นว่า พระอาจารย์อินทร์ สุนฺทโร (วงศ์เสนา) ซึ่งเป็นบิดาของท่านได้อุปสมบทมานานแล้ว จึงนำเรื่องเสนอพระเถระแต่งตั้ง พระอธิการอินทร์ สุนฺทโร เป็นเจ้าอาวาสรูปแรก และตั้งชื่อวัดให้คล้ายฉายาของเจ้าอาวาสรูปแรกซึ่งเป็นรูปปฐมฤกษ์ว่า วัดป่าสุนทราราม และพื้นที่วัดศรีบุญเรืองท่าแขกเดิมได้กลายเป็นธรณีสงฆ์ของวัดป่าสุนทราราม ตำบลกุดแห่ อำเภอเลิงนกทา จังหวัดยโสธร

     ในระหว่างพรรษานี้ หลวงปู่สิงห์ ขนฺตยาคโม ศิษย์อาวุโสของหลวงปู่มั่น ภูริทตฺโต ซึ่งอยู่จำพรรษาที่บ้านหนองขอน จังหวัดอุบลราชธานี ได้รับจดหมายนิมนต์จาก พระครูพิศาลอรัญเขต เจ้าอาวาสวัดศรีจันทร์และเจ้าคณะธรรมยุตจังหวัดขอนแก่นในขณะนั้น ต่อมาก็คือ พระเทพสิทธาจารย์ (จันทร์ เขมิโย) ให้ไปช่วยเผยแผ่ธรรมปฎิบัติให้กับประชาชนชาวจังหวัดขอนแก่น หลังจากออกพรรษา พระอาจารย์ดี ฉนฺโน จึงได้เดินทางไปบ้านน่าหัวงัวเพื่อนมัสการหลวงปู่มั่น ภูริทตฺโต และร่วมประชุมปรึกษาหารือในกิจนิมนต์ดังกล่าว ในการนี้มีพระภิกษุสามเณรลูกศิษย์ของหลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล และ หลวงปู่มั่น ภูริทตฺโต จากเมืองอุบลฯ เมืองสกลฯ เมืองนครพนม เมืองยโสธร เมืองหนองคาย และเมืองเลย ต่างก็เดินทางมาประชุมพร้อมกันในช่วงวันมาฆบูชา วันเพ็ญเดือน ๓ ณ บ้านนาหัวงัว อำเภอกุดชุม จังหวัดอุบลราชธานีในขณะนั้น หรือในปัจจุบันคือจังหวัดยโสธร เมื่อที่ประชุมคณะสงฆ์ตกลงเห็นพ้องต้องกันแล้ว จึงได้แยกย้ายกันเดินทางมุ่งสู่จังหวัดขอนแก่น คณะสงฆ์กองทัพธรรมนำโดย หลวงปู่สิงห์ ขนฺตยาคโม พระอาจารย์มหาปิ่น ปญฺญาพโล พระอาจารย์ฝั้น อาจาโร พระอาจารย์ดี ฉนฺโน พระอาจารย์อ่อน ญาณสิริ พระอาจารย์เกิ่ง อธิมุตฺตโก พระอาจารย์สีลา อิสฺสโร เป็นต้น เมื่อไปถึงแล้วได้พำนักที่ ป่าช้าโคกเหล่างา ด้านทิศตะวันออกของเมืองขอนแก่น คณะสงฆ์จึงได้ร่วมกันสร้าง สำนักสงฆ์ป่าช้าโคกเหล่างา หรือ วัดป่าเหล่างา ขึ้น ซึ่งปัจจุบันก็คือ วัดป่าวิเวกธรรม อำเภอเมือง จังหวัดขอนแก่น

     ปี พ.ศ. ๒๔๗๒ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ได้สร้างสำนักสงฆ์และจำพรรษาที่ วัดป่าโคกโจด ตำบลพระลับ อำเภอเมือง จังหวัดขอนแก่น ได้เทศนาสั่งสอนประชาชนให้ละมิจฉาทิฐิ เลิกจากการถือภูตฝีปีศาจ ให้มาตั้งมั่นในพระไตรสรณคมน์ กำหราบหมอผีมนต์ดำเดรัชฉานวิชา รักษาชาวบ้านด้วยยาสมุนไพร ตลอดระยะเวลา ๓ ปี

     ปี พ.ศ. ๒๔๗๕ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ได้ออกเดินธุดงค์ไปโปรดประชาชนชาวจังหวัดขอนแก่น ผ่านบ้านโสกแสง อำเภอน้ำพอง บ้านเม็งใหญ่ บ้านยางคำ อำเภอหนองเรือ และบ้านกุดเค้า อำเภอมัญจาคีรี จังหวัดขอนแก่น จึงได้พำนักจำพรรษาบริเวณนี้

     ปี พ.ศ. ๒๔๗๖ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ได้จำพรรษาอยู่ที่ วัดป่าศิลาวิเวก อำเภอเมือง จังหวัดมุกดาหาร ในช่วงนี้ท่านได้ปฎิบัติธรรมกรรมฐานทำความเพียรอย่างอุกฤษฎ์ และได้รับ สามเณรถิร บุญญวรรณ เป็นศิษย์ ซึ่งต่อมาก็คือ หลวงปู่ถิร ฐิตธมฺโม หรือ พระครูสถิตธรรมวิสุทธิ์ (ถิร ฐิตธมฺโม)

     ปี พ.ศ. ๒๔๗๙ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ได้มีโอกาสกราบถวายตัวเป็นศิษย์ หลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล และได้ออกธุดงค์ติดตามหลวงปู่ใหญ่เสาร์ตลอดมา จนกระทั้งวาระสุดท้ายที่หลวงปู่เสาร์มรณภาพ

     ในปีนี้ หลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล ได้ปรารภถึงการเดินทางกลับจังหวัดอุบลราชธานี คณะศิษย์ทั้งหลายจึงได้จัดประชุมคณะสงฆ์และร่วมทำบุญในวันมาฆบูชา ณ วัดอ้อมแก้ว หรือ วัดเกาะแก้วอัมพวัน อำเภอธาตุพนม จังหวัดนครพนม ซึ่งถือเป็นภารกิจสุดท้ายของหลวงปู่ใหญ่เสาร์ที่จังหวัดนครพนมและถือเป็นการให้โอวาทครั้งสุดท้ายแก่คณะศิษย์ที่ไม่ได้เดินทางติดตามไปที่จังหวัดอุบลราชธานี การประชุมในครั้งนี้ ถือได้ว่าเป็นการประชุมพระธุดงค์กรรมฐานครั้งใหญ่ที่สุดของจังหวัดนครพนมในสมัยนั้น

     คณะศิษย์ได้เดินทางติดตาม หลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล ไปพำนักที่จังหวัดอุบลราชธานี ในครั้งนั้นมีพระภิกษุสามเณรไม่น้อยกว่า ๗๐-๘๐ รูป หลวงปู่ใหญ่เสาร์จึงแบ่งคณะศิษย์ออกเป็นหลายกลุ่มหลายคณะ โดยมีศิษย์อาวุโสรับเป็นหัวหน้าแต่ละคณะ พร้อมทั้งกำหนดหมู่บ้านต่างๆ ที่แต่ละคณะจะไปพำนักเพื่อโปรดญาติโยมชาวเมืองอุบลราชธานี เช่น หลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล ไปพำนักจำพรรษาที่บ้านข่าโคม บ้านเกิดของท่าน พระอาจารย์ทองรัตน์ กนฺตสีโล ศิษย์อาวุโสฝ่ายมหานิกาย ไปตั้งวัดจำพรรษาอยู่ที่บ้านชีทวน พระอาจารย์บุญมาก ฐิติปุญโญ ไปอยู่บ้านท่าศาลา พระอาจารย์ทอง อโสโก ไปอยู่บ้านสวนงัว และพระอาจารย์ดี ฉนฺโน ไปอยู่บ้านกุดแห่ ซึ่งเป็นบ้านของท่าน เป็นต้น

     ปี พ.ศ. ๒๔๘๐ สมเด็จพระมหาวีรวงศ์ (อ้วน ติสฺโส) ในขณะที่ดำรงสมณศักดิ์เป็น พระพรหมมุนี และดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าอาวาสวัดสุปัฏนารามวรวิหารและเจ้าคณะมณฑลนครราชสีมาในขณะนั้น ได้ขอให้ พระครูวิเวกพุทธกิจ (เสาร์ กนฺตสีโล) พิจารณาสร้างวัดป่ากรรมฐานขึ้นที่อำเภอพิบูลมังสาหาร ด้วยเหตุนี้ หลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล จึงมอบหมายให้ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ออกธุดงค์ไปยังอำเภอพิบูลมังสาหาร ตั้งสำนักปฎิบัติธรรมกรรมฐานที่ ป่าช้าโคกภูดิน บริเวณเนินเขาสูง โดยมีสมเด็จพระมหาวีรวงศ์ (อ้วน ติสฺโส)และชาวอำเภอพิบูลมังสาหารได้ให้การอุปถัมภ์สนับสนุน ชาวบ้านเรียกสำนักแห่งนี้ว่า วัดป่าภูดิน หรือ วัดป่าภูเขาแก้ว โดยมี พระอาจารย์ดี ฉนฺโน เป็นเจ้าอาวาสรูปแรกและอยู่จำพรรษาที่วัดแห่งนี้เป็นเวลานานหลายปี ซึ่งในปัจจุบันก็คือ วัดภูเขาแก้ว อำเภอพิบูลมังสาหาร จังหวัดอุบลราชธานี

     ปี พ.ศ. ๒๔๘๑ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน และชาวอำเภอพิบูลมังสาหาร ได้ก่อสร้าง วัดดอนธาตุ ขึ้นเพื่อถวาย หลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล เนื่องด้วยหลวงปู่ใหญ่เสาร์ได้ไปสำรวจเกาะแก่งน้อยใหญ่ตามลำแม่น้ำมูลทางตอนใต้ของเมืองพิบูลมังสาหาร และได้ปรารภว่าอยากสร้าง เกาะดอนธาตุ แห่งนี้ขึ้นเป็นวัดป่ากรรมฐานเพราะมีความเหมาะสม จึงมอบหมายให้ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน รับหน้าที่ดูแลการสร้างวัดและเสนาสนะ ซึ่งในวัดแห่งนี้ได้สร้าง พระพุทธไสยาสน์ (พระนอน) ขึ้นตามดำริของหลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล โดยมี พระอาจารย์ดี ฉนฺโน เป็นช่างปั้นพระพุทธรูปในครั้งนี้ และในการนี้ หลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล ได้ตั้งชื่อ เกาะดอนธาตุ แห่งนี้ว่า วัดเกาะแก้วพระนอนคอนสวรรค์วิเวกพุทธกิจศาสนา ครูบาอาจารย์ในสมัยนั้นเรียกสั้นๆว่า วัดเกาะแก้ว ต่อมากรมการศาสนาได้เปลี่ยนชื่อให้เป็น วัดดอนธาตุ ดังปรากฎในปัจจุบัน ซึ่งปัจฉิมวัยของหลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล ได้พำนักจำพรรษา ณ วัดดอนธาตุ อำเภอพิบูลมังสาหาร จังหวัดอุบลราชธานี อันเป็นสถานที่ที่ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ได้สร้างถวายแห่งนี้

     ปี พ.ศ. ๒๔๘๕ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ได้ธุดงค์ติดตามอุปัฏฐากรับใช้หลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล ในวาระสุดท้าย และได้อยู่ในเหตุการณ์ขณะที่ หลวงปู่เสาร์ กนฺตสีโล มรณภาพ ในอิริยาบถนั่งกราบพระประธานครั้งที่ ๓ ภายในพระอุโบสถวัดอำมาตยาราม อำเภอวรรณไวทยากร จังหวัดนครจัมปาศักดิ์ ประเทศไทย ในขณะนั้น (ปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของแขวงจำปาศักดิ์ ประเทศลาว) เมื่อวันอังคาร แรม ๓ ค่ำ เดือน ๓ ปีมะเมีย ตรงกับวันที่ ๓ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๔๘๕ สิริอายุ ๘๒ ปี พรรษา ๖๒ คณะศิษย์ได้เชิญศพของท่านกลับมา ณ วัดบูรพาราม อำเภอเมือง จังหวัดอุบลราชธานี และได้ทำการฌาปนกิจในวันที่ ๑๕ - ๑๖ เมษายน พ.ศ. ๒๔๘๖

     ปี พ.ศ. ๒๔๙๓ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ได้ไปพำนักอยู่จำพรรษาและรับเป็นเจ้าอาวาส วัดป่าแสนสำราญ อำเภอวารินชำราบ จังหวัดอุบลราชธานี เพื่อโปรดญาติโยมในท้องที่อำเภอวารินชำราบ และในช่วงออกพรรษาของแต่ละปี ท่านก็ได้ออกธุดงค์ปลีกวิเวกไปตามท้องที่ต่างๆเพื่อโปรดศรัทธาญาติโยม

     ปี พ.ศ. ๒๔๙๘ พระอาจารย์ดี ฉนฺโน ในปัจฉิมวัยได้เดินทางกลับไปพำนักอยู่จำพรรษาอยู่ บ้านกุดแห่ ซึ่งเป็นบ้านของท่าน และรับเป็นเจ้าอาวาสวัดป่าสุนทราราม บ้านกุดแห่ ตำบลกุดเชียงหมี อำเภอเลิงนกทา จังหวัดอุบลราชธานี ในขณะนั้น ซึ่งปัจจุบันก็คือ วัดป่าสุนทราราม บ้านกุดแห่ ตำบลกุดแห่ อำเภอเลิงนกทา จังหวัดยโสธร