อุปสมบท เมื่อวันที่ ๖ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๙๒ ณ วัดนางโอ (หรือวัดบุพนิมิต ในปัจจุบัน) ตำบลแม่ลาน (ปัจจุบันเปลี่ยนเป็น อำเภอแม่ลาน) จังหวัดปัตตานี โดยมี พระครูมนูญสมณการ วัดพลานุภาพ เป็นพระอุปัชฌาย์ พระอธิการแดง ธมฺมโชโต เป็นพระกรรมวาจาจารย์ พระอธิการคำ ติสสโร เป็นพระอาจารย์ผู้ประสิทธิ์ประสาทความรู้วิชาให้แก่พ่อท่านเขียวก่อนอุปสมบท

     หลังจากนั้นท่านจึงได้ฝึกฝนสวดมนต์บทต่าง ๆ ในเจ็ดตำนานและการสวดภาณยักษ์

     พรรษาที่ ๒ ท่านได้ย้ายไปจำพรรษาอยู่ที่วัดสุนทรประชาราม อำเภอรามัน จังหวัดยะลา

     พรรษาที่ ๓ พ่อท่านเขียวได้กลับไปที่วัดนางโออีกครั้ง พร้อมกับได้ศึกษาวิชากับ ตาเลี่ยม กับฆราวาสที่เชี่ยวชาญด้านวิปัสสนากรรมฐาน รวมทั้งศึกษาสรรพวิชาต่าง ๆ จากฆราวาสอีกหลายท่าน พ่อท่านเขียวยังสอบได้นักธรรมชั้นโท แล้วยังได้รับตำแหน่งรักษาการเจ้าอาวาสวัดนางโอ ก่อนที่จะดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสในเวลาต่อมา พ่อท่านเขียวเป็นคนที่รักความสันโดษ และใช้ชีวิตอย่างเรียบง่าย มัธยัสถ์ อดออม และรักการอ่านและการศึกษาหาความรู้ ไม่ว่าจะเป็นทางด้านกฎหมายหรือทางด้านเกษตรกรรม หรือในทางด้านทางธรรม ท่านก็ศึกษาพระปริยัติธรรม บาลีไวยากรณ์ และ นักธรรม รวมทั้งสวดมนต์พิธีต่าง ๆ

     พรรษาที่ ๕ สามารถสวดปาฏิโมกข์ได้ มีความเคร่งครัด ไม่ยึดติดในลาภยศ สรรเสริญ

     พ่อท่านเขียว กิตฺติคุโณ ได้ย้ายมาจำพรรษา ณ วัดห้วยเงาะ อำเภอโคกโพธิ์ จังหวัดปัตตานี ในสมัยที่พ่อท่านธีร์ ลูกศิษย์ของท่านเป็นอดีตเจ้าอาวาส